Es exactamente como lo dices.
Yo viaje a Estados Unidos y sali de Venezuela con mi pasaporte venezolano, y cuando entre en Estados Unidos saque el pasaporte español, lo que me preguntaron fue que de donde venía y le dije que de Venezuela y le mostré el sello de salida de Venezuela.
Cuando regrese a Venezuela hice lo contrario, en Estados Unidos mostre mi pasaporte español para salir y cuando entre a Venezuela mostré mi pasaporte Venezolano y me sellaron la Entrada y listo.
Cuando me vine a España hice lo mismo sali con el venezolano y cuando llegue a Portugal mostre el Español y listo sin problemas.