Hola Martha,
En mi opinión muy personal, la pregunta no debe ser "Cuales son las desventajas y ventajas de cada una?". La pregunta que te tienes que hacerte es "A donde quiero emigrar?"
Si deseas emigrar a Quebec, aplica por Quebec.
Si deseas emigrar a cualquier otra provincia, aplica por el sistema federal.
Yo lo veo así de sencillo…
Para ponerlo de otra forma… Investiga que ciudad crees que tengas más oportunidades de conseguir trabajo (de acuerdo con tu nivel de Ingles o Frances, tu profesión, contactos,etc….). Eso debería responder tu pregunta sobre a cual sistema aplicar