Ciertamente se ha planteado vigilar más las fronteras con España, pensando en el efecto llamada de un proceso de regularización, es entendible tu duda con respecto al viaje.
Si tienes un año en España, si bien no estes empadronado debes tener algún otro tipo de medio de prueba que te permita demostrar el tiempo (Tarjeta sanitaria, contrato de arrendamiento, cuentas bancarias, etc) aunque no sabemos si efectivamente el requisito formal será el empadronamiento -y solo el empadronamiento-.
Con respecto a tus temores en frontera, supongo que será menos peligroso viajar en tren, que por avión dado que careces tanto de visado, como de permiso de residencia. Es una decisión personal.
Mucha suerte