Explicas esa situación durante la entrevista, igual te van a hacer las preguntas suficientes para ver si estas mintiendo o no, de repente dando referencia de antiguos compañeros de trabajo que puedan corroborar tu información ayuden.
En mi caso una de las empresas había cerrado, como practica usual para evadir impuestos, pero donde estaba trabajando en ese momento, si estaba operativa, yo le mostré al oficial que la gerente general que firmó mis dos constancias era la misma persona y la misma firma (a demás que era la misma dirección física), y le expliqué la situación.
De todas formas recuerda que inmigración estudia y evalúa cada caso de forma individual.
Saludos